Desde inicios de los años ochenta el sistema de justicia peruano ha desarrollado diferentes respuestas frente al fenómeno terrorista y por ello hemos observado diverso tipos de organización judicial para investigar y juzgar este delito. En ese panorama no cabe duda que, tras el  golpe de Estado de 1992 y la imposición de una legislación penal de emergencia, la creación de los llamados tribunales sin rostro determinó el alejamiento del aparato de justicia de las reglas básicas del debido proceso.

La caída del fujimorato determinó no solo el inicio de un proceso de transición democrática sino también –en el sistema de justicia– la organización de determinadas instancias judiciales para el juzgamiento de organizaciones criminales tales como el sub sistema penal anticorrupción y la Sala Nacional para casos de Terrorismo.