El gobierno de Valentín Paniagua creó la comisión de la Verdad el 4 de Julio del 2001, Alejandro Toledo ratifico la comisión el mismo año ampliándola a Comisión de la verdad y reconciliación.

Estuvo compuesta por doce comisionados, se les encargo averiguar sobre los hechos de violencia ocurridos entre 1980 y el 2000, durante el conflicto armado interno, y sobre las responsabilidades tanto de quienes cometieron crímenes, como de quienes los ordenaron o los permitieron. Además, debían proponer iniciativas que promovieran la paz y la reconciliación entre todos los peruanos.

La comisión alcanzo los siguientes logros en su informe final:

a)Analizó los comportamientos y las condiciones políticas sociales y culturales que contribuyeron a la situación de violencia.

b)Colaboró con el poder Judicial en la esperanza de que administre justicia, esclareciendo los crímenes y las violaciones de los derechos humanos.

c)Contribuyó a responder las siguientes preguntas: ¿Dónde están las víctimas? ¿Quiénes son? ¿En que situación ocurrieron los hechos? ¿Quiénes son los responsables?

d) Propuso un plan integral de reparación para las victimas o sus familiares

e) Realizó recomendaciones para que no se repitan experiencias parecidas en el futuro.